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Hacking is believing: Rパッケージが Bioconductor に採択されるまでの顛末

http://blog.hackingisbelieving.org/2012/05/bioconductor.html

R には CRAN というパッケージ集がありますが、ライフサエンス分野専門のパッケージ集に Bioconductor というものがあります。Core developer team のメンバーは、Rの core developer team と一部メンバーが被っています。 Bioconductor は CRAN と比較すると、詳細なコードレビュー/ドキュメンテーション(もちろん英語の)が必要など、わりと厳しめの採択基準があります。これまで、日本人でBioCに採択された人がいなく情報があまりませんでした。このたび、 BrainStars for R. というパッケージが Bioconductor 2.10 に採択され公開されました。その顛末を公開して、日本のすぐれたプログラムが Bioconductor に採択されることをエンカレッジできればと思います。 を読むと一通り書いてあります。またパッケージングについては、以前のエントリを参照ください。 R でいまどきなパッケージ開発 (devtools, testthat, roxygen2). 0 低レベル関数をラップして、ひとつの関数にまとめ&#...

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Hacking is believing: R でいまどきなパッケージ開発 (devtools, testthat, roxygen2)

http://blog.hackingisbelieving.org/2012/01/r-devtools-testthat-roxygen.html

R でいまどきなパッケージ開発 (devtools, testthat, roxygen2). 追記 (2012/04/21): 以下のコードは S4 classes で書いていますが、R5 reference classes で書き直してみました。こちらもどうぞ。 http:/ blog.hackingisbelieving.org/2012/04/r5-reference-class-r-devtools-testthat.html. R のパッケージ開発の情報があまりないので、自分はこんな感じでやってます、というのを書いてみます。パッケージ開発支援の devtools と単体テスト支援の testthat, そしてドキュメント生成支援の roxygen を使うのがいまどきっぽいです。 そもそもパッケージを作製しているひとをあまりみたことがないので、もっとこうすべき、というのがあれば教えてほしいです。 Devtools の設定をします。 /.Rpackages に設定を記述します。 Default = function(x) {. Filepath(" /Project/dev/R/", x, x).

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Hacking is believing: DNAを増幅するサーマルサイクラーを自作してみたよ

http://blog.hackingisbelieving.org/2013/09/dna_8.html

DNAをPCR法で増幅するために必要なサーマルサイクラーを自作してみました。自作と言っても、いわゆる、PCの自作と同じでパーツを組み立てていく感じです。購入から組み立ての様子を簡単に紹介します。 ラボには様々なレクリエーションがあります。例えば、単にどこかに遊びに行ったり、スポーツ大会したり、ひたすら合宿形式でプログレスのプレゼンをするミーティングするなどがあります。それもよいのですが、せっかくなので、普段の研究時間ではトライできないが、研究に関わる hack を行う、というイベントを企画してみました。夏休みの自由研究や社会科見学的なノリです。 うちのラボでは、PCRを使ったウェットの実験技術の開発をしてきました。しかし、サーマルサイクラーのハードウェアの仕組みを体験的に理解している訳ではありません。そこで、サーマルサイクラーを作ってみました。 Https:/ www.chaibio.com/. Https:/ www.chaibio.com/products/openpcr. なぜか http:/ openpcr.org/. サーマルサイクラは蓋を高温にして、チューブの液体が蒸発しないよ...

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Hacking is believing: 次世代シークエンス解析スタンダードという本を監修しました

http://blog.hackingisbelieving.org/2014/08/blog-post.html

二階堂　愛／編 定価 5,500円＋税. 2014年08月 発行 B5判 404ページ. エキソームやエピゲノムや1細胞RNA-Seq など、医療現場から非モデル生物，生物資源まで各分野の現場で実際に使えるプロトコールやテクニックを集めました。論文には書いていないコツなども満載。ぜひ手に取ってみてください。感想もお待ちしております。 二階堂愛 (にかいどういとし) ♂, Bioinformatics (Ph.D.). このブログは クリエイティブ・コモンズ 表示 - 非営利 4.0 国際 ライセンスの下に提供されています。 Itoshi NIKAIDO, 表示 2.1 日本 (CC BY 2.1). Simple テンプレート. Powered by Blogger.

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第五回年会 - Japanese society for quantitative biology

http://www.q-bio.jp/wiki/第五回年会

Japanese society for quantitative biology. From Japanese society for quantitative biology. 日時 場所 参加費 参加人数. ポスター セッション 2012年 11月24日、25日開催. Go to English page. メールを受け取っていない年会参加者の方は、年会世話人(q.bio2012 at gmail.com)宛にご連絡をお願いいたします(121119)。 メールが届いていない場合は、お手数ですが、年会世話人 q.bio2012 at gmail.com までご連絡ください(121110)。 また、 全員ポスター発表をすることを知らなかった 参加やポスター発表に関して、PIや会社の許可が得られない といった理由で、登録後に参加 発表をキャンセルする事例も散見しております。 メールが届いていない場合は、 迷惑メールフォルダをチェックしていただいた後 お手数ですが、年会世話人(q.bio2012 at gmail.com, at を@に置き換えてください)までご連絡ください。 日時 場所 参加費 参加人数.

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Hacking is believing: Quartz-Seqで1細胞/微量RNA-Seqを始めたい方へ

http://blog.hackingisbelieving.org/2013/05/1rna-seq-quartz-seq-sasagawa-y-and.html

新しい高精度な1細胞RNA-Seq, Quartz-Seq論文を出してから、各方面から多く相談を受けています。 Y and Nikaido I, et. al. Quartz-Seq: a highly reproducible and sensitive single-cell RNA-Seq reveals non-genetic gene expression heterogeneity. Genome Biology. 14. 2013. そこで、新しく1細胞RNA-Seqを始める方へ、僕達が理想だと考えている技術導入の手順を紹介したいと思います。また我々の方法は1細胞(6-14 pg. A 細胞状態が連続的に変化し、さまざまな細胞状態が、細胞集団に含まれている場合 (振動現象、ゆらぎなど). 1細胞ではなく微量RNA-Seqのプロトコールはこちら。ライブラリ作製にもコツがあります。短い断片を漏れなくライブラリ化するために、必ずLIMprepを利用してください。 確保できるRNA量と biological replication の数を検討する. まず1細胞相当RNAを用意しましょう&#1229...

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Hacking is believing: 次世代シークエンサー現場の会 第三回研究会が無事終了しました

http://blog.hackingisbelieving.org/2013/09/blog-post_8.html

有能なスタッフや、素晴しい講演をして頂いた演者のみなさま、会を支えてくれた50に迫るスポンサー企業、そ. に、研究者・技術者、医療従事者、企業の方など700人が一同に. 介し、活発な議論をして頂けました。ありがとうございました。 二階堂愛 (にかいどういとし) ♂, Bioinformatics (Ph.D.). このブログは クリエイティブ・コモンズ 表示 - 非営利 4.0 国際 ライセンスの下に提供されています。 Itoshi NIKAIDO, 表示 2.1 日本 (CC BY 2.1). Simple テンプレート. Powered by Blogger.

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Hacking is believing: Vagrant を使って Bioconductor Devel の解析・開発環境をAWSに構築する

http://blog.hackingisbelieving.org/2014/04/vagrant-bioconductor-devel-aws.html

Vagrant を使って Bioconductor Devel の解析・開発環境をAWSに構築する. 1 vagrant を dmg ダウンロードし、インストールする。 Http:/ www.vagrantup.com/. Vagrant plugin install vagrant-aws. AMIを起動するとは言え、ダミーの仮想マシンが必要。ちょっとわかりにくい。 Vagrant box add dummy https:/ github.com/mitchellh/vagrant-aws/raw/master/dummy.box. Bioconductor 公式のBioC-Devel入りの AMI を利用する。リージョンはバージニアだけ。知る必要はないがアカウント名は root です。 Vi: set ft=ruby :. Aws conf = YAML.load file('./.aws.yaml'). VAGRANTFILE API VERSION = "2". Vagrant.configure(VAGRANTFILE API VERSION) do config. AWSの情報をYAMLで書...

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Hacking is believing: R5 reference class 編: R でいまどきなパッケージ開発 (devtools, testthat, roxygen2)

http://blog.hackingisbelieving.org/2012/04/r5-reference-class-r-devtools-testthat.html

R5 reference class 編: R でいまどきなパッケージ開発 (devtools, testthat, roxygen2). 一週間ほど熱でうなされながら、とある研究に使うために、とあるプログラムのドキュメントをひたすら読んでいました。残念ながら R からアクセスするパッケージがないので自分で書いてみようかと思うのですが、どうせなら R5 reference class を使って実装してみようと、朦朧とする意識のなか考えていました。 その前に、R5のおさらいということで、以前のS4で実装した「 R でいまどきなパッケージ開発 (devtools, testthat, roxygen2). 12301;をR5にしてみました。解説を書くほど元気がないので、github にコードは置いてあげたので、興味のあるおにいちゃんは各自コード読んだらいいんだからねっ! 12290;しかし中身は setMethod も併用使いまくりで、なんというか、フランケンなんとかさんの作りたもうたアレやら、白鳥のバタ足やらを彷彿させる感じです。